По химической стойкости кварцевое стекло относится к первому гидролитическому классу. При низких температурах кварцевое стекло взаимодействует с растворами фтористоводородной кислоты, что широко используется на практике для удаления загрязнений поверхностного слоя. При нагревании наблюдается взаимодействие кварцевого стекла с фосфорной кислотой, щелочами и основными солями.

Пары ртути при работе газоразрядных ламп адсорбируются на внутренней поверхности кварцевых колб вследствие захвата и последующей нейтрализации положительных ионов ртути. Недостатком кварцевого стекла является его склонность к кристаллизации в области 1200—1300 °С. Особенно этот процесс ускоряется при загрязнении стекла щелочными и щелочноземельными металлами и их солями.

Загрязнение может возникнуть и в результате прикосновения к кварцевой трубке руками. Перед огневой обработкой трубки должны быть тщательно очищены, и при дальнейшей работе с ними на руки необходимо надевать перчатки. Это требование распространяется и на работу с лампами. Поверхность кварцевых заготовок и готовых ламп перед нагреванием должна протираться спиртом.